Egerkingen liegt am nordöstlichen Ende des Bezirks Gäu. Seine Nachbargemeinden sind im Norden Langenbruck, nordöstlich Hägendorf, östlich Gunzgen, südöstlich Härkingen, südlich Neuendorf, südwestlich Oberbuchsiten und im Nordwesten Holderbank SO. Somit grenzt Egerkingen an den Bezirk Olten und Bezirk Thal des eigenen Kantons, während mit dem Weiler Bärenwil in der Gemeinde Langenbruck die Grenze zum Kanton Basel-Landschaft geteilt wird. Die nördliche Hälfte wird vom Wald Unterwald bedeckt, während die südliche Hälfte Besiedelung und Ackerfelder ausmachen.